Likvidace plantáže je nedílnou součástí pěstování Japonského topolu. Z půdy se po určité době vyčerpají důležité živiny pro růst dřevin, produkce hmoty začne klesat a s tím i ekonomika plantáže. Při využití pro dřevní štěpku je plantáž ,,vyčerpaná“ cca za 12 – 15 let a při využití na dřevo cca za 20 - 25 let. Půda je naopak bohatší o mnoho složek, které stromy nevyužívají a ty zase využijí jiné plodiny (obilí, brambory, kukuřice). Rekultivovaná plantáž je navíc plná humusu a odumřelé kořeny jí po několik let přirozeně provzdušňují. V případě, že na dané ploše chcete topoly pěstovat dále je důležité nechat pole alespoň dva roky ,,odpočinout“. To znamená alespoň dva roky zde pěstovat něco jiného a první rok doporučujeme osít vojtěškou nebo hořčicí a na podzim zaorat (takzvané zelené hnojivo).
Pařezová fréza - likvidace samotná se provádí několika způsoby, nejrychlejší a nejefektivnější způsob je pomocí jednořádkové pařezové frézy, tímto způsobem lze denně upravit až 3 Ha. Fréza rozdrtí celou nadzemní i pozemní část, a to až do hloubky cca 20 cm. Japonský topol znovu obrůstá pouze z pařezu, což v tomto případě už není možné. Zbylé kořeny se již snadno přeorají a časem vytvoří humus a fungují jako přirozené provzdušnění.
Vytrhání pařezů - tento způsob je poměrně náročnější, nejprve se pomocí bagru nebo k tomuto účelu přizpůsobeného rypadla vytrhají pařezy, ty se pak svozí na hromadu a zde se buď spálí nebo se zahrnou hlínou a nechají kompostovat.
Chemická likvidace - je jeden z dalších způsobů. Po poslední sklizni se pařezy ošetří chemickým postřikem, pařezy uschnou a postupně se začnou rozpadat. Takto ošetřené pařezy se cca po jednom roce zaorají. Tento způsob není příliš rozšířen a to i pro jeho vyšší ekologickou zátěž. Plantáž po rekultivaci lze použít na pěstování jakékoli další plodiny.